Mae’r Ardd yn elusen ac yn cael ei llywodraethu gan Fwrdd o Ymddiriedolwyr. Mae swydd Ymddiriedolwr yn wirfoddol, a rôl y grŵp yw cefnogi’r Cyfarwyddwr wrth weithredu gweledigaeth a strategaeth yr Ardd.
Mae David Jenkins wedi bod yn Ymddiriedolwr Gardd Fotaneg Genedlaethol Cymru ers 2015.